Yhdistyksen hallituksen toiminta on yhdistyksen johtamista. Hallitus saa valtuutensa yhdistyksen jäsenistön kokoukselta ja sen hyväksymissä - sekä yhdistyksen sääntöjen puitteissa se myös valvoo ja ohjaa yhdistyksen toimintaa. Kokonaisuudessa toimivat luottamushenkilöt, erilaiset vapaaehtoistoimijat, työntekijät ja jäsenistö.

Hallitus johtaa kollektiivina ja kokouksissa tekemillään päätöksillä. Yhdistyksen luottamusjohto ja työntekijät tulisi erottaa toisistaan siten, että johtaminen tapahtuu yhtä kanavaa pitkin suhteessa työntekijöihin. Tämä kanava on hallituksen keskuudestaan tehtävään nimeämä ja valtuuttama henkilö, joka toimii työntekijöiden esimiehenä. Tätä mallia kuvataan ”yksikanavaiseksi” tai ”tiimalasimalliksi”.

Jos kaikki tai vaikka muutama hallituksen jäsen alkaa asioida suoraan työntekijöiden kanssa työsuhteisiin liittyvissä asioissa, hallituksen valta ja vastuu hämärtyy ja se menettää arvovaltaansa. Hallituksen ei myöskään tule sallia työntekijöiden suoraa yhteydenpitoa eri jäseniinsä tarkoituksella vaikuttaa hallituksen toimintaan tai henkilöstön omiin asioihin. Mallissa hallituksen valtuuttama henkilö tuo henkilöstöasiat hallituksen kokouksen päätettäväksi.

Yhdistyksessä, jossa on useampia työntekijöitä, joku työntekijöistä on usein valtuutettu johtamaan muita hallituksen ohjeiden mukaisesti. Tämän ylimmän toimihenkilön tehtävät ja valtuudet voidaan määritellä yhdistyksen säännöissä tai niistä päättää yhdistyksen hallitus. Ylin toimihenkilö puolestaan pitää yhteyttä hallituksen puheenjohtajaan. Myös ylin toimihenkilö kuuluu henkilöstöön, joten häneen sovelletaan kaikkia työlainsäädännön normeja. Tässä mallissa ylin toimintaorganisaation edustaja vastaa yhdistyksen hallitukselle juoksevan hallinnon hoitamisesta. Hänen päätösvaltansa puitteet määrittelee hallitus. Viimeistään silloin, kun yhdistyksellä on useita työntekijöitä tulee hallituksen laatia selkeä säännöstö yhdistyksen eri toimielinten vastuista ja oikeuksista. Hallitus vastaa aina yhdistyksen toiminnan ja talouden asianmukaisesta hoitamisesta.